تدور احداث فيلم كفرناحوم في إحدى المناطق التابعة للعالم العربي التي تقع تحت أزمات سياسية واجتماعية طاحنة، يتتبع الفيلم حياة طفل يعيش في قرية فقيرة، ويقرر التمرد على نمط الحياة الذي يخضع له، حيث يقوم برفع دعوى قضائية ضد والديه.